↑ «Giannis Antetokounmpo, Anthony Davis named NBA Players of the Week». ↑ Lopez, Aaron J. (15 de marzo de 2007). «Expert: Victims’ path rockier than celebrities’». En la fase de todos contra todos el equipo terminó cuarto con 33 puntos, 10 partidos ganados, 3 empatados y 5 perdidos, un promedio aceptable, pero que ilusionaba a la hinchada ya que desde el bicampeonato de 2007 Nacional no disputaba las posiciones altas de la tabla. En el torneo finalización de 2007 Nacional clasificó al cuadrangular final luego de pasar la fase de todos contra todos con 38 puntos y ocupando el primer ligar, en los cuadrangulares se enfrentó al América de Cali, al Cúcuta Deportivo y a Once Caldas, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá. 2 años, pero este no fue la excepción, el equipo tenía grandes figuras como Giovanni Moreno, Jairo Patiño y Víctor Ibarbo, pero no dio la talla, perdiendo el clásico del fútbol colombiano con Millonarios en Bogotá 1-2 y los clásicos paisas frente al Medellín, el equipo quedó octavo en la fase de todos contra todos y no logró clasificarse a las semifinales. En la fase de grupos ocupó el grupo B, donde terminó primero, en octavos de final eliminó a Deportivo Pasto 4-0 en el global, en cuartos superó al Deportes Quindío 2-0 en el global, en la semifinal derrotó a Alianza Petrolera 3-0 en el global, para así llegar a su segunda final consecutiva en esta competición contra Millonarios F. C. de Bogotá.
En el torneo apertura de 2013, Nacional terminó segundo en la fase de todos contra todos con 32 puntos, en los cuadrangulares superó a Itagüí, Deportes Tolima y Deportivo Pasto. En la tercera fase le correspondió enfrentar al Expreso Rojo, el cual lo eliminó, Perdiendo 2-0 en Fusagasugá y ganándole 1-0 en Medellín. En la ciudad de Pasto el marcador fue 0-0, definiendo el título en el Estadio Atanasio Girardot 2-0 a favor del verde con goles de Juan David Valencia y Fernando Uribe. El juego de vuelta quedó 0-0, lo cual le dio el título a su rival de plaza. Julius Erving fue el jugador más célebre, gracias a un estilo aéreo donde el salto y el juego por encima del tablero eran tan importantes como las canastas. Los californianos acabaron venciendo 4-2, pero el Dr.J dejó para la historia una jugada inolvidable denominada Baseline Move, una espectacular entrada a canasta por detrás del tablero llevando el balón con una mano con el brazo totalmente estirado y girando sobre sí mismo para conseguir la canasta. La defensa en el básquet se realiza entre la persona que ataca y el aro, la posición defensiva consiste en flexionar ligeramente las rodillas y realizar desplazamientos laterales intentando robar el balón o evitando una acción de pase, camiseta basquet nba tiro o intento de penetración a la canasta por parte de su rival.
En el Torneo Finalización el cuadro Verdolaga terminó en la posición 12 con 22 puntos, lo que provocó cambios en la nómina al finalizar el año. En el Torneo Finalización 2010, Nacional inició un nuevo proceso con José Fernando Santa y con la promesa de darle la oportunidad a las divisiones menores. Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B). Pero esa temporada los equipos gallegos no se enfrentaron salvo en partido oficial, y así se jugó el encuentro más atípico de cuantos se han registrado entre ellos: en el campo vigués de Coya, tocaba al Deportivo defender su liderato del Campeonato Regional. En el partido de ida, jugado en Buenos Aires, el equipo colombiano se impuso por 0-1 con gol de Edixon Perea. De esta forma el conjunto paisa se consagró como el único equipo colombiano en vencer a Boca Juniors en «La Bombonera» en partidos oficiales.
Juan José Peláez tomó la dirección técnica con jugadores como Freddy Grisales, Aquivaldo Mosquera y Milton Patiño, entre otros, con los cuales llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano. En el torneo que reúne a los equipos de A y la B, Atlético Nacional logró su primer título en esta competición de la mano del profesor Juan Carlos Osorio, el cuadro paisa avanzó primero en el grupo con un total de 19 puntos, se enfrentó en octavos de final con Independiente Santa Fe con un global de 5-2 a favor, en cuartos de final avanzó con un global de 4-2 frente a Deportes Tolima, en semifinal derrotó a Boyacá Chicó con global de 2-0, de esta manera pasó a disputar la final frente al Deportivo Pasto. Ya en el torneo de segundo semestre, Nacional no cumplía muy bien su papel, por lo que salió de su cargo el técnico Carlos Navarrete, reemplazado por Oscar Héctor Quintabani (DT que fue campeón con el Pasto en el torneo pasado).