La semifinal sería contra el Deportes Tolima en donde Nacional lo derrotó 3-1 en condición de local por el juego de ida; Nacional cayó derrotado en el juego de vuelta en Ibagué por 1-0 pero con el marcador global de 3-2 a su favor, lo clasificaba a la gran final del Torneo apertura 2011 frente a La Equidad. 2 años, pero este no fue la excepción, el equipo tenía grandes figuras como Giovanni Moreno, Jairo Patiño y Víctor Ibarbo, pero no dio la talla, perdiendo el clásico del fútbol colombiano con Millonarios en Bogotá 1-2 y los clásicos paisas frente al Medellín, el equipo quedó octavo en la fase de todos contra todos y no logró clasificarse a las semifinales. En el año 2013, Atlético Nacional se convirtió en el primer Bicampeón de la Copa Colombia, después de haber ganado la final frente a Millonarios. Atlético Nacional fue invitado a la Copa EuroAmericana y obtuvo un Trofeo DirecTV luego de derrotar 4-3 al Sevilla F. C. de España en penales, luego de haber empatado 1-1; el gol para Nacional fue de Sherman Cárdenas, para los españoles descontó Coke. En el Torneo Finalización 2010, Nacional inició un nuevo proceso con José Fernando Santa y con la promesa de darle la oportunidad a las divisiones menores.
En mayo se da la salida del técnico Ramón Cabrero por malos resultados y por diferencias con la hinchada, por lo que se dejó como técnico interino a José Fernando Santa, encargado de las divisiones menores. El equipo inició el 2014 jugando la Superliga, su rival fue el Deportivo Cali que terminó como el segundo mejor clasificado en la tabla de reclasificación de 2013, ya que Nacional había ganado los torneos apertura y finalización el año anterior y fue el primero en la reclasificación; el global terminó 2-2, pero el Cali se llevó el título venciendo a Nacional 3-4 desde el punto penal. Nacional se enfrentó a Deportivo Cali en los cuartos de final del torneo con derrota 1-0 en Palmira y victoria 2-1 jugando de local en Cúcuta, ganando finalmente por 4-1 en los tiros desde el punto penal. El club se coronó campeón de la liga el 17 de julio a las 21 horas y 30 minutos, ganándole a Independiente Santa Fe 2-0 en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, luego de haber empatado sin goles en el Estadio Atanasio Girardot, levantando su título número 12. Su arquero fue Franco Armani, luego de atajar varios tiros en el partido de ida en Medellín.
En la final cayó 1-2 en la ida, jugada en el estadio de Techo, en Bogotá, ya en Medellín, se repitió el mismo resultado pero a favor del verde, con goles de Dorlan Pabón y Carlos Renteria, el título se definiría en los penaltis, dónde el arquero argentino Gastón Pezzuti se convirtió en figura al tapar 3 de los 5 penaltis cobrados y de esta forma darle el decimoprimer título a los verdolagas. Le correspondió jugar en el grupo B con Envigado F. C., Independiente Medellín, Deportivo Pereira, Deportivo Rionegro de la primera B e Itagüí Ditaires también de la B. Ganó su grupo con 21 puntos, seguido de Envigado con 15 puntos. El partido de ida, en Bogotá, terminó 2-2, dejando la llave abierta para que se definiera en Medellín, Juan David Valencia anotó el 1-0 de tiro libre que le dio el título a Nacional por segunda vez dejando el global 3-2 a favor del cuadro paisa. En la ciudad de Pasto el marcador fue 0-0, definiendo el título en el Estadio Atanasio Girardot 2-0 a favor del verde con goles de Juan David Valencia y Fernando Uribe.