En el Torneo Apertura 2011, Santa Fe comenzó su participación en la liga disminuido por las dificultades económicas producto de la falta de patrocinio, pero integrando una nómina con refuerzos de renombre en el fútbol colombiano como Ariel Carreño, camiseta futbol Gerardo Bedoya y Sergio Galván. En la fase final del Todos contra todos, Santa Fe clasificaría en el segundo lugar, con 29 puntos; logrando a lo largo de su campaña 7 victorias, 8 empates y solamente 3 derrotas; lo cual ha sido catalogada como una de las mejores temporadas de los cardenales, y que lo conllevaría, gracias a la continuidad del proceso del año 2011, a ser catalogado como El mejor equipo de Colombia por la IFFHS. Sin embargo, el presidente César Pastrana ratifica la continuidad del proceso llevado por el DT, con el férreo compromiso de buscar la mayor cantidad de victorias posibles. Sin embargo, camiseta brasil 2024 Paris SG revivió el Tournoi de Paris en 2010 para conmemorar el 40 aniversario del club. El 4 de junio de 2009, tras su incapacidad para encontrar una viabilidad económica para el club y no poder vender las parcelas del suelo del estadio de Mestalla, el presidente Vicente Soriano presenta su dimisión irrevocable.
Premier League de Inglaterra, y por delante de la Serie A de Italia, la Bundesliga de Alemania y la Ligue 1 de Francia. En Italia, la violencia de los denominados ultras italianos se caracteriza por sus insultos racistas e incluso por la fabricación de armamento para las batallas que efectúan antes, durante y después de los encuentros. Sin embargo esto no se vio reflejado a lo largo del torneo, lo que llevó a la renuncia del técnico Néstor Otero después de caer como visitante 2-0 frente a América de Cali en la fecha 7. Tomó el control del equipo para las últimas 11 fechas un viejo conocido de las divisiones inferiores, Arturo Boyacá. El 19 de septiembre de 2011 el técnico Arturo Boyacá fue destituido de su cargo, según la dirigencia cardenal por los malos resultados obtenidos en las últimas fechas y al mal manejo que este le estaba dando al equipo. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, el técnico Pecoso dejó su cargo al término del torneo. Fue pedido por el entrenador Fernando Riera e inaugurado en 1961 en la comuna de Macul, en Santiago.
Nómina campeona en Copa Colombia 2009: Agustín Julio, Sergio Otálvaro, Andrés Felipe González, Carlos Enrique Valdés, Ricardo Villarraga, Maximiliano Flotta, Yulián Anchico, Juan Carlos Quintero, Luis Manuel Seijas, Julio Gutiérrez, Cristian Nazarit, Camilo Vargas, Jairo Suárez, Omar Sebastián Pérez, Mario Efrain Gómez, Mario Alejandro González, Daniel Alejandro Torres, Daniel Vélez, Emanuel Acosta, Francisco Pacho Delgado, Javier Arizala, Alejandro Bernal, Osneider Álvarez, Daniel Néculman, José Adolfo Trencito Valencia, Yovanny Arrechea, Diego Fernando Moreno, Misael Camargo, y Carlos Mario Castro. Suplentes: Juan Manuel Leyton, Julián Quiñones, Humberto Mendoza, Jorge Emanuel Molina, Jefferson Cuero, Fernando Cárdenas D.T.: Wilson Gutiérrez. Nómina campeona Torneo Apertura 2012 : Camilo Vargas, Sergio Otálvaro, Julián Quiñones, Francisco Meza, Luis Carlos Arias, Yulián Anchico, Daniel Torres, Juan Daniel Roa, Omar Pérez, Jonathan Copete, Diego Cabrera, Juan Manuel Leyton, Germán Centurión, Héctor Urrego, Hugo Alejandro Acosta, Gerardo Bedoya, Edwin Cardona, Mario Gómez, Óscar Rodas, Mateo Biojo, Alejandro Miguel Galindo, Héctor Salgado, Martín Aguirre, Didier Moreno, Juan Guillermo Vélez, Jorge Luis Ramos, Cristian Camilo Álvarez, Bryan Alberto Rebellón, Robert Jiménez, Andrés Angulo, Juan Guillermo Pedroza y Juan Sebastián Hernández.