Al parecer, para la época del traslado de parte de la población de Lamas a Tarapoto, este era un pequeño conglomerado de nativos residentes en su mayoría en el pequeño poblado de Cumbaza, la actual banda de Shilcayo, en la rivera de la quebrada del Choclino y otro a orillas de la cocha de Suchiche. Habitaban por entonces, cumbazas a la orilla de la quebrada Choclino y Amurarca (esta última en la actualidad ya no existe); Pinchis en la parte alta de la ciudad y en las márgenes derecha e izquierda del río Shilcayo; Sushiches o Sustuchiches residentes en el barrio de nombre, a orillas de la concha o laguna de suchiche; Muniches y Antables en el actual Barrio Huayco hasta la zona de Santa Rosa. A raíz de los acontecimientos narrados por Frederick Lowe y maravillado por el relato de las imnumerables plantas y animales en la alta Amazonía peruana, en el año de 1856, el Botánico Inglés Richard Spruce amigo y colega de Alfred R. Wallace, codescubridor junto a Charles Darwin del principio de la selección natural, llega a Tarapoto y se queda a radicar por dos años en la ciudad, estudiando el arbol de la shiringa o caucho, identificando miles de especies de plantas nuevas para el hombre europeo, especialmente para los reales jardines botanicos de Kew de Londres, su trabajo en las inmediaciones de Tarapoto sirvió para conocer y documentar una gran cantidad de especies nuevas para la ciencia y los fundamentos botánicos del genero Hevea, camiseta manchester united la fuente actual de la goma o el caucho amazónico.
Chachapoyas eran denominados amos de las nubes, llamados así por las ciudades que tenían en la parte alta de las montañas y la ceja de selva, muchos de los curacas de esta cultura se convirtieron en aliados de los españoles durante la conquista, en su primera incursión se dice que, Alonso de Alvarado recibió de los indígenas un cajón de oro y plata, por lo que regresó a lima contento con tan valioso tesoro, a raíz de ello Pizarro ordenó a Alonso de Alvarado fundar una ciudad en dicho territorio, para desde ahí abastecer a las expediciones a la densa selva, en búsqueda de la mítica ciudad del Dorado, así fundándose la ciudad de Chachapoyas. Cuenta también con universidades, tanto pública (Universidad Nacional de San Martín) y privadas, con campus y enormes ciudades universitarias, las cuales realizan investigaciones científicas y académicas propias de la región amazónica. Sus inicios efectivos datan de las exploraciones que realizaron los Pocras y Hanan Chancas (antiguas culturas de la región Ayacucho) quienes al ser conquistados por el Imperio inca, encabezaron una revolución comandados por el caudillo Ancohallo, revuelta que, al ser derrotada, obligó a sus miembros tribales a huir de la terrible venganza inca, estableciéndose en los valles de los ríos Mayo y Cumbaza en el departamento de San Martín formando, finalmente, la ciudad de Lamas, luego establecieron una comunidad satélite en el valle de los ríos Cumbaza y Shilcayo, teniendo como núcleo central la Laguna Suchiche (desecada en la colonia).
Indígenas chanca y Pocras, así pues, el conquistador al ser requerido por Pizarro para otras expediciones, encarga a su hermano Hernando de Alvarado, la búsqueda y conquista de mayores territorios en las vertientes del río mayo, sin embargo, lo agreste del territorio puso muchas dificultades para dichas expediciones, los españoles tenían conocimiento que en estas tierras, residían los guerreros Motilones, estos tenían esa denominación por la similitud con los indígenas caribes de cabeza rapada que encontraron los conquistadores durante su travesía al Perú. La final de la liga iba a ser contra su máximo contendor durante todo el torneo, el Mineros de Guayana de Richard Páez. En el Torneo de Clausura, el cuadro albo se coronó como tetracampeón, tras vencer en la final a la Universidad de Concepción, equipo que tenía como entrenador, al ídolo colocolino Marcelo Barticciotto. En ninguna parte de los cientos de folios relacionados con su viaje, menciona que él fundó Tarapoto, es más, al final del viaje hace una relación de los pueblos fundados y no menciona Tarapoto. 1561 Aguirre asesina a Pedro de Ursúa durante la travesía, Aguirre era conocido por la crueldad que infringió sobre los indígenas, años posteriores convocó a 300 almas, entre españoles y cientos de nativos para en una nueva campaña ir en búsqueda del Mítico el Dorado, descubriendo el cañón angosto y más profundo del río Huallaga que lleva su nombre (Pongo de Aguirre) en el distrito de Chazuta a pocos kilómetros de Tarapoto.